Em 1991, Mark Mothersbaugh e Blake Schwarzenbach se conheceram quando eram estudantes na Universidade da Califórnia, Berkeley. Eles começaram a fazer música juntos, eventualmente formando a banda Pinhead Gunpowder. Em 1993, Davey Havok, Jade Puget e Hunter Burgan se juntaram a eles, e a banda mudou seu nome para AFI (A Fire Inside).
O som inicial da banda era caracterizado por canções de punk rock aceleradas com letras sombrias e muitas vezes políticas. Eles lançaram seu álbum de estreia, Answer That and Stay Fashionable, em 1995, e seguiram com mais dois álbuns, Very Proud of Ya (1996) e Shut Your Mouth and Open Your Eyes (1997).
Em 1999, AFI lançou seu quarto álbum, Black Sails in the Sunset, que marcou um afastamento de seu som anterior. O álbum foi mais experimental, incorporando elementos de new wave, pós-punk e música eletrônica. Black Sails in the Sunset foi um sucesso comercial e ajudou a estabelecer a AFI como uma das bandas mais populares da cena punk rock.
No início dos anos 2000, a AFI continuou a fazer experiências com seu som. Eles lançaram mais dois álbuns, The Art of Drowning (2000) e Sing the Sorrow (2003), ambos com um som mais melódico e acessível. Esses álbuns também foram sucessos comerciais e ajudaram a levar o AFI a um público mais amplo.
Em 2006, AFI lançou seu sétimo álbum, Decemberunderground. O álbum foi um grande sucesso comercial, estreando em primeiro lugar na parada Billboard 200 e vendendo mais de dois milhões de cópias em todo o mundo. Decemberunderground também foi indicado ao Grammy de Melhor Álbum de Rock.
Desde o lançamento de Decemberunderground, a AFI lançou mais dois álbuns, Crash Love (2009) e Burials (2013). A banda também fez extensas turnês e tocou em alguns dos maiores festivais de música do mundo.
AFI é considerada uma das bandas mais influentes da cena punk rock. A sua música inspirou uma geração de músicos e eles continuam a ser um dos artistas ao vivo mais populares do mundo.