Cantatas: - BWV 147 "Herz und Mund und Tat und Leben"
- BWV 140 "Wachet auf, ruft uns die Stimme"
- BWV 198 "Laß, Fürstin, laß noch einen Strahl"
Oratórios de paixão: - Paixão de São Mateus, BWV 244
- Paixão de São João, BWV 245
Missas: - Missa em Si menor, BWV 232
- Missa em Sol menor, BWV 235
Oratórios: - Oratório de Páscoa, BWV 249
- Oratório de Natal, BWV 248
Suítes orquestrais: - Suíte orquestral nº 1 em dó maior, BWV 1066
- Suíte Orquestral nº 2 em Si menor, BWV 1067
- Suíte Orquestral nº 3 em Ré maior, BWV 1068
- Suíte Orquestral nº 4 em Ré maior, BWV 1069
Sonatas e partitas para violino solo: - Partita No. 1 em Si menor, BWV 1002
- Partita nº 2 em Ré menor, BWV 1004
- Partita No. 3 em Mi maior, BWV 1006
Sonatas e partitas para solo de violoncelo: - Suíte para violoncelo nº 1 em Sol maior, BWV 1007
- Suíte para violoncelo nº 2 em Ré menor, BWV 1008
- Suíte para violoncelo nº 3 em dó maior, BWV 1009
- Suíte para violoncelo nº 4 em mi bemol maior, BWV 1010
- Suíte para violoncelo nº 5 em dó menor, BWV 1011
- Suíte para violoncelo nº 6 em Ré maior, BWV 1012
Concertos: - Concerto de Brandemburgo nº 1 em Fá maior, BWV 1046
- Concerto de Brandemburgo nº 2 em Fá maior, BWV 1047
- Concerto de Brandemburgo nº 3 em Sol maior, BWV 1048
- Concerto de Brandemburgo nº 4 em Sol maior, BWV 1049
- Concerto de Brandemburgo nº 5 em Ré maior, BWV 1050
- Concerto de Brandemburgo nº 6 em si bemol maior, BWV 1051
O teclado funciona: - O Cravo Bem Temperado, Livros 1 e 2, BWV 846-893
- Variações Goldberg, BWV 988
- Suítes Francesas, BWV 812-817
- Suítes Inglesas, BWV 806-811
- Partitas, BWV 825-830
Outros trabalhos: - Das Musikalische Opfer, BWV 1079
- A Arte da Fuga, BWV 1080
- Corais, BWV 250-438