Em que filme da Disney um rato se perdeu de um barco naufragado?

O filme da Disney que você está pensando é "The Rescuers Down Under" .

No filme, Bernard e Bianca, os dois ratos de "The Rescuers", viajam para a Austrália para encontrar um menino chamado Cody que foi sequestrado. Cody havia se perdido no interior após um acidente de avião, e seu rato de estimação, Bernard , foi separado dele durante o acidente.

Embora não seja o cenário exato que você descreveu (Bernard não se perdeu em um barco naufragado), é uma situação muito semelhante com um rato perdido em um acidente.